神秘谷为天柱山一大奇观，位于飞来峰下，号称花岗岩洞第一秘府，有“天柱一绝”之称。道家奉此为司元洞府。地理位置十分险要，谷长五、六华里，全谷巨石交错，危洞幽深，谷底54个洞穴形态各异，云集交错，洞连洞，洞套洞，洞中有洞，洞洞相连，移步换景，神秘莫测。洞内有牖，有庭，有门，有石梯，有石栏，九曲回廊，豁然开朗。狭窄处，屈身匍行；宽敞处，数人并陈。谷旁古树虬枝，如铁壁挂画，谷内怪石异草，似丹墀仙境，引人入胜。
神秘谷位于花莲县秀林乡富世村内，入口处位在距离太鲁阁1公里的收费站旁，循收费站旁指标下溪谷，可见对岸山棱间有一道清溪流出，即立雾溪支流砂卡礑溪，溪水清浅可涉，由此溯行约60分钟可达神秘谷，太管处已完成往神秘谷的游憩步道，但检查哨后已无明显路迹，切勿冒然前往，一般游客多在收费站附近下游游玩。
